연말정산 의료비공제 계산법, 3% 넘는 만큼만

업데이트 2026.10.27 · 국세청 특별세액공제 안내 기준

연말정산 의료비공제는 1년 동안 쓴 의료비가 총급여의 3%를 넘어야 시작되고, 넘은 금액의 15%를 세금에서 빼 줍니다. 총급여 4,000만원이면 120만원까지는 공제가 0원이고, 그 위부터 계산됩니다.

그래서 같은 의료비를 써도 누구 이름으로 공제받느냐, 부모님 진료비를 합치느냐에 따라 돌려받는 금액이 달라집니다. 대상별 한도와 공제율, 맞벌이 부부가 어느 쪽으로 모으는 게 나은지까지 숫자로 계산해 보았습니다.

공제율과 한도는 대상마다 다르다

국세청 안내에 따르면 의료비 세액공제는 근로자가 기본공제대상자를 위해 낸 의료비가 대상이고, 이때 기본공제대상자는 나이와 소득 제한을 받지 않습니다. 소득이 있어 부양가족 공제를 못 받는 부모님이나 배우자라도, 내가 실제로 낸 의료비라면 의료비공제에는 넣을 수 있다는 뜻입니다.

대상	공제 대상 금액 한도	공제율
일반 기본공제대상자	연 700만원	15%
본인·6세 이하·65세 이상·장애인	한도 없음	15%
미숙아·선천성이상아	한도 없음	20%
난임시술비	한도 없음	30%

산후조리원 비용은 출산 1회당 200만원까지 의료비에 들어갑니다. 반대로 공제되지 않는 돈도 정해져 있습니다. 개인적으로 따로 보전받은 의료비, 국민건강보험공단에서 받은 본인부담 상한제 사후환급금, 외국 의료기관에 낸 비용, 간병인에게 준 돈, 미용·성형 목적의 수술비와 건강기능 목적의 약 구입비는 빠집니다.

 

3% 문턱부터 계산해 보니

계산 순서는 단순합니다. 1년 의료비를 모두 더하고, 총급여의 3%를 뺀 뒤, 남은 금액에 공제율을 곱합니다. 아래는 그 방식으로 직접 계산한 예시입니다(산식 기준, 지방소득세 제외).

총급여 4,000만원, 본인과 70세 어머니, 배우자 의료비가 있는 경우

본인 80만원, 70세 어머니 150만원, 배우자 60만원을 썼다면 합계는 290만원입니다. 총급여 3%는 120만원이므로 290만원에서 120만원을 빼면 170만원이 남습니다. 170만원 × 15% = 25만 5천원이 세액공제 금액입니다.

같은 조건에서 배우자 의료비만 있었다면

배우자 의료비 60만원뿐이라면 3% 문턱 120만원에 닿지 않아 공제는 0원입니다. 의료비가 적은 해에는 영수증을 아무리 모아도 결과가 0원일 수 있다는 점이 많이 놓치는 부분입니다.

총급여 3,000만원, 6세 아이 병원비가 150만원인 경우

총급여 3%는 90만원입니다. 아이 병원비 150만원에서 90만원을 빼면 60만원이 남고, 60만원 × 15% = 9만원이 공제됩니다. 6세 이하 아이 의료비는 한도가 없어서 큰 수술비가 나온 해라면 금액이 크게 늘어납니다.

형제가 부모님 병원비를 나눠 냈다면

의료비공제는 실제로 돈을 낸 사람이 받습니다. 부모님 수술비 300만원을 형이 200만원, 동생이 100만원 냈다면 각자 낸 금액을 각자의 의료비에 넣고, 각자의 총급여 3% 문턱을 따로 넘겨야 합니다. 한 사람이 몰아서 내면 문턱을 한 번만 넘으면 되니, 가족끼리 미리 정해 두면 공제받는 금액이 달라질 수 있습니다.

 

맞벌이라면 어느 쪽으로 모을까

'의료비공제 몰아주기'라는 말이 나오는 이유는 3% 문턱이 총급여에 따라 달라지기 때문입니다. 총급여가 낮은 쪽일수록 문턱이 낮아 같은 의료비로 공제받는 금액이 커집니다.

예를 들어 남편 총급여 6,000만원(3% = 180만원), 아내 총급여 3,000만원(3% = 90만원)이고 한 해 가족 의료비가 250만원이라고 해 보겠습니다. 남편 쪽으로 모으면 70만원 × 15% = 10만 5천원, 아내 쪽으로 모으면 160만원 × 15% = 24만원입니다. 같은 의료비인데 13만 5천원 차이가 납니다.

누구 쪽으로	3% 문턱	공제 금액
총급여 6,000만원	180만원	10만 5천원
총급여 3,000만원	90만원	24만원

다만 몇 가지 조건이 붙습니다. 의료비는 실제로 돈을 낸 사람이 공제받는 것이 원칙이라, 배우자 의료비를 내 카드로 결제해야 내 쪽에 넣을 수 있습니다. 또 세액공제는 낼 세금이 있어야 빼 주는 구조여서, 총급여가 낮은 쪽의 결정세액이 공제액보다 작으면 남는 금액은 그냥 사라집니다. 부부 중 누구로 모을지는 둘의 결정세액을 같이 놓고 비교해야 정확합니다.

영수증은 어디서 모으나

병원과 약국 진료비는 대부분 국세청 연말정산 간소화 자료에 자동으로 잡힙니다. 매년 11월쯤 열리는 홈택스 연말정산 미리보기에서 1~9월 사용분을 보고 남은 석 달 계획을 세울 수 있고, 1월에는 간소화 자료를 내려받아 회사에 냅니다. 홈택스 메뉴와 일정은 홈택스 공지에서 확인할 수 있습니다.

간소화 자료에 빠지는 항목도 있습니다. 산후조리원 비용이나 안경 구입비처럼 업체가 자료를 안 낸 경우에는 영수증을 직접 받아 제출해야 합니다. 안경은 1명당 50만원까지만 들어가는데, 그 계산은 안경 연말정산 글에 따로 적어 두었습니다.

공제 대상과 제외 항목 원문은 국세청 특별세액공제 안내의 의료비 세액공제 항목에 나와 있습니다.

간소화 자료에 뜨지 않는 의료비가 있다면 1월 회사 제출 마감 전에 영수증을 따로 챙겨 두는 편이 낫습니다.

 

자주 묻는 질문

연말정산 의료비공제 한도는 얼마인가요?

일반 부양가족 의료비는 공제 대상 금액이 연 700만원까지입니다. 본인, 6세 이하, 65세 이상, 장애인 의료비는 한도가 없습니다.

소득이 있는 부모님 병원비도 넣을 수 있나요?

넣을 수 있습니다. 의료비공제는 나이와 소득 제한을 받지 않아서, 부양가족 기본공제를 못 받는 부모님이라도 내가 낸 의료비는 공제 대상입니다. 다만 다른 형제가 같은 의료비를 중복으로 넣으면 안 됩니다.

연말정산 의료비공제 대상자는 누구까지인가요?

본인과 배우자, 부모님·조부모님, 자녀, 형제자매처럼 기본공제대상자가 될 수 있는 가족이 대상이고, 의료비공제에서는 이들의 나이와 소득을 따지지 않습니다. 같이 살지 않는 부모님이라도 내가 낸 병원비라면 넣을 수 있는지 회사 연말정산 담당이나 국세상담센터에 한 번 확인해 두면 안전합니다.

의료비가 총급여 3%보다 적으면요?

공제 금액은 0원입니다. 3%를 넘는 부분부터 계산하기 때문입니다.

부모님을 부양가족 기본공제에 넣을 수 있는지는 나이·소득 요건이 따로 있어서, 연말정산 부양가족 기본공제 요건 글에서 출생연도별로 확인할 수 있습니다.

연말정산 부양가족 기본공제 요건, 1966년생부터

 

2026년 10월 국세청 안내 확인 기준. 공제 순서와 최종 금액은 회사 연말정산 결과나 홈택스 계산이 기준이며, 개별 상황은 국세상담센터(126)에 문의하세요.